民國三年十一月成立「有限責任斗六街信用組合」，民國二十年改組為「斗六信用購買販賣組合」，民國二十三年改組為「有限責任斗六信用購買販賣利用組合」，民國二十五年改組為「保證責任斗六信用購買利用組合」，民國三十四年改組為「斗六街農業會」。

台灣光復後，於民國三十五年改稱為「斗六鎮合作社」，民國三十八年改組為「斗六鎮農會」，民國四十二年政府改革農業政策，為配合耕者有其田方案，重行改組為純農民之農會，民國七十年改制為「斗六市農會」，為了擴展業務，在民國七十年增設石榴辦事處，民國八十三年增設信用部鎮南、北兩分部，民國八十五年底供銷部遷建完成新廠庫於久安里，民國八十八年一月信用部鎮南、鎮北兩分部更名為鎮南、光興辦事處，同年四月再增設林頭辦事處，民國九十年七月再增設虎溪辦事處；原本會辦公廳舍外觀雖仍典雅，惜已陳舊，且位地狹人稠、交通擁塞西市場旁，為拓展業務經營，爰經第十三屆理事會及代表大會議定，遷建綜合辦公大樓，耗資新台幣壹億餘元，民國八十八年初啟造，歷時年餘竣工，於民國八十九年九月二十八日落成啟用，期能擴大服務層面，並成為本市農業建設之精神指標。